医科学系は次の専攻分野からなる。
生体構造学、生体統合制御学、疾患プロテオーム・分子病態治療学、臨床微生物・感染制御学、臨床薬理学、病理病態学、再生医学・免疫病態医学、健康・環境制御医学、法医学、難治性疾患病態制御学、脳情報制御医学、内科学、小児科学、神経精神科学、放射線医学、皮膚科学、腎泌尿器外科学、外科学、脳神経外科学、整形外科学、産婦人科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、麻酔学、形成外科学、救急医学、スポーツ医学、臨床検査医学、遺伝子多型・機能解析学、応用分子腫瘍学、臨床腫瘍学、感染症学、疾患バイオマーカ―・標的分子制御学、先端医療開発学、分子神経科学、臨床再生組織工学、医療情報処理技術応用研究分野、プライマリケア・地域医療学コース、生活習慣病プロフェッショナル養成コース、最新医学研究コース、早期探索的研究者育成コース、高度臨床医育成コース、未来がん医療プロフェッショナル養成コース
(※2019年4月予定)
医科学系の学生の、入学定員は60人、収容定員は240人(大学院学則第7条)である。
前期2カ年は、必修科目24単位、選択科目6単位以上を履修し、併せて医の倫理を養うことが方針とされており、後期2カ年は、教員の指導のもとに自主的研究に従事することとなっている。
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