医科学系は次の53の専攻分野又はコースからなる。
生体構造学、生体統合制御学、疾患プロテオーム・分子病態治療学、臨床微生物・感染制御学、臨床薬理学、病理病態学、再生医学・免疫病態医学、健康・環境制御医学、法医学、難治性疾患病態制御学、総合診療内科学、呼吸器内科学、循環器内科学、消化器内科学、腎臓・高血圧内科学、代謝・内分泌内科学、脳神経内科学、血液・腫瘍内科学、リウマチ・膠原病・アレルギー内科学、小児科学、神経精神科学、放射線診断・IVR学、放射線治療学、皮膚科学、腎泌尿器外科学、消化器・一般外科学、心臓血管外科学、呼吸器外科学、小児外科学、乳腺・内分泌外科学、脳神経外科学、整形外科学、産婦人科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、麻酔学、形成外科学、救急医学、スポーツ医学、臨床検査医学、応用分子腫瘍学、臨床腫瘍学、感染症学、リハビリテーション医学、緩和医療学、疾患バイオマーカー・標的分子制御学、分子神経科学、医療情報処理技術応用研究分野、バイオインフォマティクス学、周産期発生病態解明学、最新医学研究コース、高度臨床医育成コース*、未来がん医療プロフェッショナル養成コース
医科学系の学生の、入学定員は60人、収容定員は240人(大学院学則第7条)である。
前期2カ年は、必修科目24単位、選択科目6単位以上を履修し、併せて医の倫理を養うことが方針とされており、後期2カ年は、教員の指導のもとに自主的研究に従事することとなっている。
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